mnovicov
Administrator
 Inregistrat: acum 20 ani
Postari: 1985
|
|
NH O= H2C-CO H2C-CO H2C-CO = O NH NH S NH HN-CO S-CS HN-CS 2,5 dicetopiperazină hidantoină rodanină 2-mercaptotiazolin-5-onă H2C-CO Ar-CH= =O Ar-CH=O + N O H2O N O H2 Ph Ph azlactonă Ar-CH2 =O H2O Ar-CH2-CH-COOH N O -PhCOOH NH2 Ph 7.Oxidarea aminoalcoolilor Metoda este limitată la aminoalcoolii accesibili. AcHN-CHR-CH2OH + [O] AcHN-CHR-COOH + H2O 8.Se cunosc o serie de metode chimice de sinteză specifice unor aminoacizi, deci cu aplicabilitate limitată; de exemplu, adiţia amoniacului la dubla legătură a acizilor nesaturaţi: HOOC-CH=CH-COOH + NH3 HOOC-CH2-CH-COOH acid fumaric NH2 acid asparagic Obţinerea formelor optic active Metodele chimice de sinteză conduc de obicei la aminoacizi racemici.Dedublarea formelor racemice ale aminoacizilor se poate realiza, în principiu, prin următoarele metode : a.) Cristalizarea selectivă a unuia din enantiomeri din soluţia saturată a acestuia. b.) Formarea de săruri diastereoizomere cu baze sau acizi chirali.Se folosesc de obicei aminoacizi N-acilaţi, pentru a le intensifica caracterul acid şi a forma săruri cu baze optic active. Se pot utiliza şi esteri ai aminoacizilor, care au caracter bazic mai pronunţat decât aminoacizii şi formează săruri cu acizi optic activi.Aminoacizii bazici reacţionează ca atare cu acizii optic activi (acid D-camforic).Sărurile diastereoizomere se separă prin diferenţa de solubilitate.După separare, prin hidroliză se obţin aminoacizi liberi. c.)Tratarea racemicului cu preparate enzimatice.Această metodă este înalt selectivă datorită marii specificităţi a enzimelor şi posedă avantajul că permite obţinerea unor izomeri cu coufiguraţie cunoscută.Procedeele constau în: - introducerea amestecului racemic, prin ingerare (furaj) sau prin injectare, într-un animal, ale cărui enzime metabolizează numai forma L.Din urină se separă apoi enantiomerul D rămas netransformat; - oxidarea sau decarboxilarea cu ajutorul unor microorganisme specifice sau ţesuturi, ale unuia din izomeri, celălalt rămânând neatacat. - hidroliza asimetrică sub acţiunea unor enzime (amidaze, esteraze, acilaze) ale derivaţilor aminoacizilor racemici substituiţi în mod adecvat, prin care se eliberează numai antipodul L, care se separă de enantiomerul D rămas nehidrolizat. III. Metode de biosinteză a aminoacizilor /2,5,7,8,9,10,12/ Aceste metode se bazează pe capacitatea de biosinteză a microorganismelor şi au avantajul că se obţin aminoacizi din seria L, având configuraţia aminoacizilor naturali din proteine.Mecanisme foarte precise de reglare menţin concentraţia aminoacizilor în celule în limite foarte strânse.Prin mutageneză, celulele microbiene suferă modificări genetice, cu implicaţii asupra mecanismelor de reglare.Ele pot suferi o mutaţie sau deleţie a genelor operatoare sau reglatoare ale unora din enzime sau prin mutaşie genetică se pot codifica enzime modificate astfel încât să nu mai fie sensibile la metabolitul care le reglează în mod normal.Acest fel de microorganisme cu mecanismele de reglare modificate, cu permeabilitatea membranei celulare schimbată sau cu deficienţe metabolice, pot fi întrebuinţate industrial pentru producerea unor metaboliţi importanţi pentru om, printre care şi aminoacizii. Pentru obţinerea aminoacizilor se folosesc mutanţi de Brevibacterium sau Corymbacterium, dependenţi de alţi aminoacizi ce fac parte din schema de biosinteză a aminoacidului în cauză (de exemplu pentru producerea lisinei se folosesc mutanţi dependenţi de homoserină) sau mutanţi rezistenţi la analogi ai respectivului aminoacid. Drept materii prime se folosesc hidraţi de carbon, alcooli,hidrocarburi alifatice cu cel puţin 10 atomi de carbon, compuşi cu azot (proteine, peptide, uree, săruri de amoniu), săruri minerale (ce conţin K, Mg, Ca, P, Fe, Mn, Zn etc) şi factori de creştere.Aceste substanţe sunt folosite de microorganisme pentru a se dezvolta şi pentru a efectua biosinteza propriu-zisă a aminoacidului. ÃŽn timpul biosintezei se introduce aer sub presiune, steril, care furnizează oxigen diferitelor procese metabolice.ÃŽn funcţie de aminoacid, concentraţia acestuia în mediile fermentate este cuprinsă între câteva grame şi până la 90-100 g/l.Aminoacizii astfel sintetizaţi sunt izolaţi şi purificaţi cu ajutorul schimbătorilor de ioni, cristalizării fracţionate, adsorbţiei pe diferiţi adsorbanţi. IV.Metode mixte Aceste metode se folosesc de avatajele metodelor chimice şi biochimice,deopotrivă.Astfel, se produc în cantităţi mari intermediari prin sinteză chimică şi apoi sunt supuşi transformărilor stereospecifice, cu obţinerea directă a L-aminoacidului. Utilizările aminoacizilor Aminoacizii se folosesc în medicină pentru prepararea unor medicamente şi pentru alimentaţia artificială în anumite îmbolnăviri ale sistemului digestiv, în caz de intervenţii chirurgicale etc.Se folosesc în alimentaţie, pentru suplimentarea unor produse deficitare în aminoacizi esenţiali, pentru accentuarea aromelor, pentru prepararea supelor concentrate,a alimentelor pentru copii, alimentaţia dietetică pentru cosmonauţi,ca antioxidanţi la prepararea conservelor şi băuturilor etc /5,10/. Cantităţi mari de aminoacizi se folosesc în zootehnie, pentru obţinerea concentratelor furajere şi pentru a mări digestibilitatea furajelor bogate în hidraţi de carbon şi sărace în proteine complete.Se folosesc, de asemenea, pentru prepararea unor medii bacteriologice necesare depistării unor boli /5,10/. Din punct de vedere fiziologic aminoacizii au un rol deosebit. Astfel, acidul glutamic are un rol major în dezintoxicarea organismului, glutamina obţinută prin aminarea lui fiind recomandată împotriva oboselii, depresiei şi impotenţei.Glicina intervine în sinteza hemoglobinei; ca precursor al glutationului, glicina se combină cu acidul colic şi formează glucocolaţi (săruri biliare) cu rol deosebit în digestie.Serina participă la sinteza cefalinei şi stingomielinei.Arginina trece în ornitină care permite sinteza spermidinei şi sperminei, prolamine considerate principali factori decreştere.Tirosina este precursorul a doi hormoni tiroidieni şi anume: triiodotironina şi tiroxina.De aceea, tirosina este deosebit de importantă în eliminarea dereglajelor tiroidiene.De remarcat că tirosina este precursor al adrenalinei şi noradrenalinei, substanţe cu rolimportant în păstrarea echilibrului psihic.Triptofanul conduce la formarea serotoninei care este un vasoconstrictor puternic, un bun stimulator al contracţiei muşchilor netezi, un excelent neurotransmiţător al sistemului nervos central.Am menţionat o parte din aminoacizi, în special cei a căror activitate fiziologică este remarcabilă şi care nu se găsesc întotdeauna cât ar trebui în alimentaţia zilnică /1,3,7,12/.
PEPTIDE Peptidele sunt combinaţii de tip amidic rezultate prin condensarea a două sau mai multor molecule de aminoacizi. R-CH-COOH + H2N-CH-COOH -H2O H2N-CH-CONH-CH-COOH NH2 R R R Peptidele pot rezulta din două, trei sau "n" molecule de aminoacizi.Pentru sistematizarea acestor compuşi, convenţional ei se clasifică în /3/: - peptide (oligopeptide) - compuşi formaţi dintr-un număr relativ mic de a-aminoacizi; - polipeptide - compuşi formaţi dintr-un număr mai mare de a-aminoacizi, dar cu masa moleculară mai mică de 10000; - proteine (poliprotide superioare, holoproteide) - compuşi cu masa moleculară mai mare de 10000; - heteroproteide - compuşi care pe lângă un lanţ proteic,mai conţin şi o grupare neproteică numită grupare prostetică. Deci, fiecare moleculă de peptidă, polipeptidă sau proteină va conţine: "n" resturi de a- aminoacizi; (n-1) legături peptidice (de tip amidă substituită); un N-acid (aminoacidul N terminal), rest de a-aminoacid de la capătul lanţului, care posedă grupa amino liberă şi un C-acid (aminoacidul C-terminal), rest de a-aminoacid, de la celălalt capăt al lanţului, care posedă grupa carboxil liberă /3/. Denumirile peptidelor se construiesc socotindu-le derivaţi acilaţi ai aminoacidului C-terminal.Se citesc succesiv radicalii aminoacizilor începând cu capătul N-terminal până la restul C-terminal /1,3,8/.De exemplu: H2N-CH-CO-NH-CH2-CO-NH-CH-CO-NH-CH-COOH CH(CH3)2 CH2-OH CH3 valil-glicil-seril-alanina sau Val-Gli-Ser-Ala Datorită posibilităţii de legare a aceloraşi aminoacizi în secvenţe diferite, peptidele pot prezenta fenomenul de izomerie de structură, de poziţie.Doi aminoacizi diferiţi pot da naştere la două dipeptide izomere după cum unul sau altul ocupă poziţia N- sau C-terminală. ÃŽn organismele vii se întâlnesc numeroase peptide (oligopeptide sau peptide mai mari) cu funcţii particulare.Unele din aceste peptide au legături peptidice atipice, cuprind resturi de aminoacizi modificaţi, structuri ciclice, altele cuprind D-aminoacizi /1,3,4,8,9/. Peptidele se deosebesc de proteine prin aceea că dializează prin membrane de celofan.Spre deosebire de peptide, proteinele sunt precipitate din soluţie cu acid tricloracetic /4/. PROPRIETĂŢI Cele mai multe peptide sunt cristaline, incolore, solubile în apă şi insolubile în alcool absolut, solubilitatea lor fiind condiţionată de mărimea moleculelor.La fel ca aminoacizii, au caracter amfoter, formând săruri solubile cu acizii şi cu bazele. Peptidele arată unele proprietăţi ale proteinelor.Cele compuse din mai mult de 3-4 aminoacizi dau reacţia biuretului.Unele dintre ele se precipită din soluţie, prin adăugare de electroliţi, şise redizolvă după îndepărtarea lor. Prin hidroliză eliberează aminoacizii componenţi.Peptidele în a căror componenţă intră aminoacizii optic activi naturali, pot fi hidrolizate de enzime proteolitice (peptidaze). Unele peptide apar ca produşi intermediari la hidroliza proteinelor cu acizi sau cu enzime şi servesc la stabilirea structurii proteinelor din care provin /3,4/. STRUCTURĂ Comportarea generală a peptidelor poate fi explicată pe baza structurii lor, problemele de structură fiind complexe, un exemplu de corelaţie între efecte electronice şi sterice, între aspecte calitative şi cantitative.Elementul central îl constituie gruparea peptidică. Examinarea geometriei şi dimensiunilor legăturii peptidice pe structuri cristaline ale unor oligopeptide, confirmă cunoştinţele generale asupra lagăturii amidice.Distanţa C-N este cu 10% mai scurtă decât în amine iar dubla legătură C=O este cu 0,02A mai lungă decât cea cunoscută pentru aldehide şi cetone.Aceste efecte sunt puse pe seama conjugării p-P din gruparea amidică, reprezentată ca o structură de rezonanţă între structurile limită I şi II /3,4,8/. a O R' a O- R' R-CH-C-N-CH-COOH « R-CH-C=N+-CH-COOH NH2 H a NH2 H a' I II Din lungimile de legătură şi din spectre RMN s-a calculat că structura hibrid conţine aproximativ 60% I şi 40% II, electronii p fiind delocalizaţi pe legăturile C-O şi C-N.Datorită acestei conjugări grupa C=O din amide şi peptide nu dă reacţiile caracteristice cetonelor, iar electronii neparticipanţi ai azotului nu sunt disponibili pentru legarea protonului şi ele sunt baze foarte slabe.De asemenea, conjugarea face ca legătura carbon-azot din gruparea peptidică să aibă caracter parţial de dublă legătură.Structura sterică a grupării peptidice este condiţionată de distribuţia electronică din această grupare, care are ca efect o anumită orientare în spaţiu a substituenţilor legaţi de atomii implicaţi în legătura peptidică şi anume, aceştia sunt orientaţi în acelaşi plan.Rotirea în jurul legăturii carbon-azot este frânată, fapt care creează condiţia necesară existenţei unor aranjamente geometrice temporare, a izomerilor conformaţionali de tip S-trans (transoid) şi S-cis (cisoid); dintre aceştia, izomerul S-trans fiind cel mai stabil /4/.
Studiul peptidelor cu ajutorul difracţiei razelor X, a evidenţiat faptul că acestea adoptă preferenţial structura corespunzătoare formei S-trans, în timp ce structura corespunzătoare formei S-cis se regăseşte în sisteme ciclice de tipul 1,4-dicetopiperazinelor substituite. Având lungimile legăturilor şi unghiurile relativ rigide, legătura peptidică în ansamblu este şi ea rigidă, deşi o uşoară deformare este totuşi posibilă.Fiecare unitate peptidică este relativ voluminoasă şi datorită rigidităţii legăturii peptidice, flexibilitatea de ansamblu a lanţului polipeptidic este apreciabil restrânsă /3,4,9/. SINTEZE DE PEPTIDE O trăsătură caracteristică a stadiului actual de cercetare a peptidelor o reprezintă interferenţa şi condiţionarea strânsă dintre metodele de studiu şi sinteza de peptide sau de analogi structurali. Construirea unei catene polipeptidice formate dintr-o succesiune de aminoacizi diferiţi are loc în etape.Deoarece aminoacizii au două grupe funcţionale reactive care pot reacţiona între ele intrând în competiţie cu grupări echivalente dintr-un nou aminoacid cu care se face condensarea, în sintezele de peptide se porneşte întodeauna de la un aminoacid cu una din grupările funcţionale blocate.Alegerea agenţilor de blocare se face în aşa fel ca îndepărtarea lor, la sfârşitul sintezei să se facă în condiţii care nu afectează legătura peptidică creată /1,3,4,8,9,11/. Metode de blocare şi activare a grupărilor amino şi carboxil Pentru blocarea grupării aminice se utilizează mai ales cloroformiaţi şi anhidride. 1.)Protejarea grupării aminice prin carbobenzoxilare constă în acilarea aminoacidului cu cloroformiat de benzil (Cbz); produsul obţinut se transformă într-un derivat funcţional reactiv care reacţionează cu gruparea aminică (neblocată) a aminoacidului cu care se face condensarea.Eliminarea grupării protectoare se face prin hidrogenare catalitică în prezenţă de paladiu /1,9/. C6H5-CH2-O-COCl + H2N-CHR-COOH Cbz-NH-CHR-COOH PCl5 Cbz-NH-CHR-COCl + H2N-CHR'-COOCH3 -HCl Cbz-NH-CHR-CO-NH-CHR'-COOCH3 H2/Pd C6H5-CH3 + CO2 + H2N-CHR-CO-NH-CHR'-COOH 2.) Protejarea grupării aminice prin ftalilare se bazează pe observaţia că gruparea ftalil se elimină foarte uşor prin tratare cu hidrat de hidrazină /1,8,9/. CO CO C6H4 O + H2N-CHR-COOH C6H4 N-CHR-COOH PCl5 CO CO CO CO C6H4 N-CHR-COCl H2N-CHR'-COOH C6H4 N-CHR-CO-NH-CHR'-COOH CO CO Ca şi metoda carbobenzoxilării, metoda aceasta nu provoacă racemizarea aminoacizilor. 3.) Protejarea grupării aminice prin butoxicarbonilare se bazează pe observaţia că eliminarea grupării terţbutoxicarbonil are loc deosebit de uşor, la tratarea cu acid trifluor acetic în acid acetic sau în clorură de metilen, marele avantaj constând în faptul că, în afară de peptidă rezultă numai compuşi gazoşi /1,8,9/. (CH3)3C-OCON3 + H2N-CHR-COOH (CH3)3C-OCONH-CHR-COOH (Boc) PCl5 (CH3)3C-OCONH-CHR-COCl + H2N-CHR'-COOH (CH3)3C-OCONH-CHR-CONH-CHR'-COOH (CH3)3C=CH2 + CO2 + H2N-CHR-CO-NH-CHR'-COOH 4.) Blocarea grupărilor carboxil se realizează prin esterificare cu alcool benzilic, terţ-butanol ş.a./1,3,8,9/. 5.) Activarea grupării COOH se realizează prin transformarea ei în cloruri acide, esteri şi prin utilizarea unor reactivi ca diciclohexilcarbodiimida (DDC) sau carbonildiimidazolul. Clorurile acide ale aminoacizilor care conţin şi alte grupări funcţionale în moleculă sunt greu de obţinut.Utilizarea esterilor obişnuiţi este limitată de reactivitatea redusă a acestora; se foloseşte mult esterul p-nitrofenilic, ("ester activat") obţinut prin tratarea aminoacidului (protejat) cu p-nitrofenol, în prezenţa DDC. N,N'-carbonildiimidazolul reacţionează cu gruparea carboxil din aminoacizi sau peptide protejate, dând N-acil-imidazol care în reacţie cu o amină sau un aminoacid conduce la o amidă,respectiv o peptidă /1,3,8,9/.
6.) Sinteza peptidelor în fază solidă (metoda Merrifield) Această metodă utilizează ca agent de blocare al grupării carboxil, polistiren clorometilat.Polimerul clorometilat este tratat cu o soluţie a sării de sodiu a aminoacidului care se fixează, sub formă de ester benzilic, pe polimerul solid: Avantajul metodei constă în faptul că peptida intermediară ataşată de polimer este insolubilă şi poate fi uşor izolată prin simplă filtrare şi spălare.Se evită izolarea şi purificarea, după adăugarea fiecărui aminoacid. Desprinderea polipeptidei de pe polimer se poate face prin tratare cu HF anhidru care nu scindează legăturile peptidice.Prin această metodă s-au sintetizat, cu rezultate bune, insulina şi unii hormoni hipofizari /1,3,4,8,9/. Reprezentanţi Carnozina (b-alanilhistidina) şi anserina (b-alanil-N-metilhistidina) sunt dipeptide prezente în muşchi, care intervin în schimburile energetice din organism. L-aspartil-b-fenil-L-alanil metil eterul (aspartam) este o dipeptidă de 152 de ori mai dulce decât zaharoza;dacă radicalul fenil este înlocuit cu un radical ciclohexil, compusul rezultat este de 225 ori mai dulce decât zaharoza.Acest compus este folosit ca edulcorant artificial, cu slab aport caloric, de către diabetici şi pentru controlul greutăţii corporale începând din anul 1983. Glutationul (g-glutamil-cisteinil-glicina) - prima tripeptidă naturală cunoscută şi izolată din drojdia de bere, prezentă în toate celulele, joacă un rol important în procesele de oxido-reducere, datorită prezenţei în moleculă a grupării -SH, care are caracter reducător conducând la disulfura corespunzătoare.Glutationul funcţionează ca şi coenzimă a unor enzime. Oxitocina şi vasopresina sunt nonapeptide cu structură ciclică, datorită formării unei punţi disulfurice între grupările -SH, care provin de la două resturi de cisteină, prezente în lanţul polipeptidic.ÃŽn structura acestor peptide s-a constatat prezenţa a trei grupări amidice, formate la grupările carboxil libere, care provin de la aminoacizii monoaminodicarboxilici prezenţi în moleculă.Diferenţele structurale între aceste peptide sunt mici, dar acţiunea fiziologică este diferită.Aceste peptide sunt hormoni hipofizari.Oxitocina acţionează asupra musculaturii netede, în special a uterului, provocând contracţii.Vasopresina are o acţiune similară dar mult mai redusă, provocând creşterea tensiunii arteriale prin inhibarea diurezei. Insulina este de asemenea un hormon de natură proteică, secretat de pancreas.Masa moleculară a insulinei este de aproximativ 6000, dar moleculele sunt asociate formând agregate cu mase moleculare de 12000, 48000 care în anumite condiţii disociază. Insulina reglează metabolismul glucidic şi indirect influenţează şi asupra metabolismului altor compuşi organici.Hipofuncţia pancreasului conduce la diabet zaharat, boală care se caracterizează prin hiperglicemie şi glicozurie, apărând totodată şi modificări în metabolismul proteinelor şi lipidelor.Hiposecreţia de insulină poate fi compensată prin administrare periodică de insulină, care influenţează direct asupra sintezei glicogenului hepatic şi asupra oxidării glucozei în muşchi /1,3,4,8,9,11/.
PROTEINE Proteinele sunt compuşi organici naturali, consideraţi ca fiind suportul material al tuturor fenomenelor vieţii.Aceşti compuşi sunt principalii constituenţi cu structură macromoleculară ai protoplasmei tuturor celulelor vegetale şi animale.Denumirea lor derivă de la cuvântul "protos" care înseamnă de prim rang, cel dintâi,fundamental /2,3/. Proteinele sunt substanţe macromoleculare de natură polipeptidică, la construcţia cărora participă 20 de aminoacizi fundamentali.Proteinele sunt macromolecule informaţionale, cu secvenţe specifice de aminoacizi, sunt expresia epigenetică a genomului celular. Chimia proteinelor este deosebit de complexă, ea presupunând, mai întâi, înţelegerea principiilor generale de construcţie a moleculelor proteice, a modului în care dintr-un număr limitat de unităţi structurale se pot forma infinit de multe proteine şi ce factori intervin în realizarea arhitecturii lor.ÃŽn al doilea rând, studiul proteinelor necesită abordarea fiecărui tip de proteină în parte, stabilirea pentru fiecare specie moleculară a constituţiei chimice, a arhitecturii ei spaţiale şi a funcţiei sau a funcţiilor pe care le exercită /1,3,8,9/. Structură Cu cât numărul de a-aminoacizi, care formează molecula unui compus de natură proteică este mai mare, cu atât problemele pe care le ridică structura acestor compuşi sunt mai complexe.Cercetările efectuate în acest domeniu, au condus la rezultate experimentale pe baza cărora se disting patru grade structurale sau niveluri de organizare, deosebindu-se prin complexitatea lor.Acestea au fost numite structuri primare, secundare, terţiare şi cuaternare /2,8,9/. Structura primară a unei proteine este determinată prin felul aminoacizilor, numărul lor şi succesiunea lor specifică, respectiv secvenţa lor.Structura primară redă totalitatea legăturilor covalente din moleculă, fiind denumită şi structură covalentă.Distanţele interatomice şi unghiurile de valenţă calculate sunt cele precizate pa peptide /1,2,3,8,9/. Cunoaşterea structurii primare are o importanţă deosebită pentru înţelegerea rolurilor proteinelor. Prin studii de secvenţialitate s-a stabilit că o proteină dată are o structură unică, nu este un amestec de specii moleculare diferite, cum este cazul polimerilor de sinteză.S-a constatat că nu există regularitate în înlănţuirea aminoacizilor, nu există anumite secvenţe preferate faţă de altele, astfel că dacă la o proteină cu 100 de resturi de aminoacizi se cunoaşte natura şi secvenţa a 99 dintre ei, nu există nici o regulă care să permită prevederea celui de al 100-lea. Structurile primare ale proteinelor constituie baza înţelegerii la nivel molecular a activităţii lor biologice.Prin compararea structurilor primare ale proteinelor care îndeplinesc funcţii omoloage la organisme diferite se poate stabili gradul de varietate structurală compatibilă cu o anumită funcţie.Secvenţa aminoacizilor într-o proteină este veriga între mesajul geneti înscris în ADN şi expresia acestui mesaj.S-au descoperit specii de proteine anormale (mutante) ca expresie a unor modificări la nivelul genomului.Aceste proteine anormale se pot manifesta sub forma unor boli-bolile moleculare. Structura secundară este determinată de aranjarea în spaţiu a catenei polipeptidice şi de legăturile care se stabilesc între catene.Legăturile de hidrogen, între grupările NH- şi C=O, joacă un rol esenţial la acest nivel de organizare /2/. Prin studii de difracţie cu raze X pe cristale pure de polipeptide sintetice şi naturale, Pauling şi Corey au indicat modalităţile de realizare a structurii secundare: atomii implicaţi în legătura peptidică sunt coplanari; atomii de carbon din lanţul peptidic sunt poziţionaţi trans unul faţă de altul, făcând să scadă forţele de respingere;distanţele interatomice şi unghiurile de valenţă au aceleaşi valori indiferent de dimensiunile catenei;numărul legăturilor de hidrogen care se stabilesc între oxigenul carbonilic şi azotul amidic este maxim posibil, hidrogenul fiind plasat pe linia imaginară care ar uni oxigenul de azot.Legătura de hidrogen poate fi intramoleculară, rezultând o structură a-elicoidală, formată printr-o răsucire în spirală a catenei polipeptidice, şi intermoleculară, obţinându-se o structură pliată, prin simpla pliere a catenei.S-a dovedit că aceste structuri sunt concordante cu proprietăţile fizico-chimice ţi biologice /2,3/. Structura de a-helix Lanţul polipeptidic se răsuceşte la nivelul legăturilor simple, pentru ca grupările C=O şi NH să devină adiacente stereochimic pentru a forma punţi de hidrogen.Se obţine astfel o structură repetitivă elicoidală în care toate unităţile se află în raporturi spaţiale identice cu unităţile vecine.O grupare NH formează legătura de hidrogen cu gruparea C=O a celui de-al patrulea rest de aminoacid din secvenţa liniară.ÃŽn acest fel toate grupările C=O şi NH sunt unite prin punţi de hidrogen. Stereochimia grupării peptidice, unghiurile de legătură, distanţele interatomice,colinearitatea legăturilor de hidrogen, apartenenţa tuturor aminoacizilor la aceeaşi serie optică ( seria L) determină o anumită geometrie a elicei a: - cu fiecare rest de aminoacid se avansează pe verticală cu 1,47A; - pasul elicei, distanţa între două puncte echivalente pe verticală, este de 5,21 A şi cuprinde 3,6 resturi de aminoacizi; - diametrul elicei, diametrul suprafeţei cilindrtce în care se află atomii Ca, este de 10,1A; - sensul răsucirii lanţului polipeptidic este de la stâvga la dreapta; - radicalii R ai tuturor aminoacizilor sunt orientaţi spre exteriorul elicei, configuraţia atomilor Ca fiind aceeaşi pentru toţi aminoacizii; - toate grupările NH şi C=O formează punţi de hidrogen. Un lanţ polipeptidic sub formă de a-elice se prezintă ca un bastonaş cu diametrul de 10.1A, pentru 300 de resturi de aminoacid, lungimea fiind 450A /1,2,3,9,11/.
Structura b O altă structură secundară a lanţurilor polopeptidice în care se realizează potenţialul maxim de legare prin punţi de hidrogen a grupărilor C=O şi NH este structura b sau structura pliată.ÃŽn acest caz punţile de hidrogen sunt intercatenare, lanţurile polipeptidice aşezându-se în straturi.Cea mai stabilă structură se obţine dacă lanţurile evoluează unul de la capătul N-terminal şi celălalt în sens invers (structura b cu lanţuri antiparalele).Datorită rigidităţii legăturii peptidice şi coplanarităţii grupării -CH-NH-CO-CH- se realizează structuri asemănătoare unei foi plisate.Radicalii R sunt orientaţi, alternativ,de-o parte şi de alta.Structura b este întâlnită în proporţie de 100% în fibroină, proteina din mătase, şi în proporţii variabile în alte proteine fibrilare.Structura b se întâlneşte însă şi la proteine globulare, fie între segmente aparţinând la lanţuri diferite, fie într-un acelaşi lanţ polipeptidic. b-keratina este compusă din straturi formate din catene polipeptidice orientate paralel, în acelaşi sens şi unite prin legături de hidrogen.Fiecare catenă este legată astfel de cele două catene vecine, prin legături de hidrogen între grupările CO şi NH ale lor /1,2,3,8,9/.
Structura terţiară Acest nivel de organizare înglobează structura secundară şi defineşte raporturile dintre segmentele de a-elice şi structură b, modul de împachetare a lanţului polipeptidic.Factorii determinanţi ai structurii terţiare ai unei proteine sunt interacţiunile necovalente între radicalii R de la Ca, fie că aceştia se află în regiuni cu structură a sau b, fie că sunt cuprinşi în segmente neorganizate.La acest nivel de organizare terţiar, molecula proteică dobândeşte forma sa specifică /2/. ÃŽntre diverşii radicali ai aminoacizilor se pot stabili următoarele tipuri de legături necovalente: 1.punţi de hidrogen între radicalii cu grupări alcoolice (din resturi seril, treonil), fenolice (din resturi tirosil), amidice (din resturi glutaminil şi asparaginil). 2.legături ionice, saline, între radicalii cu sarcini electrice sau interacţiuni polare între radicalii polari, fără sarcini. 3.interacţiuni hidrofobe între resturile aminoacizilor nepolari ca: valină, leucină, izoleucină, fenilalanină, alanină. Resturile cisteinil din multe proteine formează legături disulfurice care leagă covalent regiuni mai îndepărtate ale lanţurilor polipeptidice /3/. Un lanţ polipeptidic adoptă, în măsura în care îi permite structura sa primară, configuraţii de α-elice sau de structură b şi prin pliere, împachetarea lanţului caută să satisfacă şi afinităţile radicalilor R.Rezultanta tuturor acestor interacţiuni determină conformaţia moleculei proteice.Factorul ultim care determină conformaţia unei proteine este structura sa primară.Informaţia genetică tradusă în secvenţe de aminoacizi, prin jocul forţelor fizico-chimice, se transformă spontan în edificii tridimensionale specifice /1,2,3,9/. Prima proteină a cărei structură tridimensională a fost stabilită în cele mai mici detalii, precizându-se poziţia în spaţiu a tuturor atomilor componenţi este mioglobina. Numărul proteinelor cu structură terţiară cunoscută este în continuă creştere şi analiza acestor structuri dovedeşte păstrarea trăsăturilor calitative dar cu o mare plasticitate în detalii.Structura terţiară, spre deosebire de cea secundară, este determinată de elemente nerepetitive; totuşi şi la acest nivel au fost recunoscute câteva scheme de organizare spaţială.Aceasta a permis clasificarea proteinelorglobulare în câteva clase /2/: a.) proteine all-α -lanţul polipeptidic are structură secundară de α-elice în proporţie de aproape 100% şi elicele sunt împachetate într-o formă compactă, globulară; b.) proteine all-b -lanţul polipeptidic prin îndoire formează structuri b cu lanţuri antiparalele,aşezate unele lângă altele; c.) proteine α+b -segmentele cu organizare secundară α şi b sunt segregate în structura terţiară; d.) proteine α/b -segmentele α şi b alternează în structura terţiară; e.) proteine fără organizare secundară α sau b, plierea lanţului fiind hotărâtă numai de interacţiunile între R;în general sunt proteine mici ce cuprind un număr relativ mare de punţi disulfurice Organizarea pe domenii a proteinelor /2,3/ După recunoaşterea unor scheme structurale la nivelul organizării terţiare a moleculelor proteice,un concept nou, care permite o mai bună înţelegere a raporturilor dintre structura şi funcţiile unei proteine este conceptul organizării proteinelor mai complexe, pe domenii structurale. Prin domenii structurale ale unei proteine se înţelege regiunile compacte cu organizare terşiară specifică, relativ rigide, separate între ele de segmente mai puţin organizate, care permit mişcarea unui domeniu în raport cu altul (dinamica domeniilor).Fiecare domeniu structural al unei proteine este răspunzător de o anumită funcţie.Gradul de flexibilitate al domeniilor variază de la mişcări mai ample la altele restrânse, depinzând de natura segmentelor interdomenii. Un aspect de cea mai mare importanţă care a rezultat din dezvolterea conceptului de organizare pe domenii a proteinelor este acela că domenii cu structuri şi proprietăţi asociative similare sunt prezente în proteine diferite.Complexitatea structurilor şi funcţiilor proteinelor poate rezulta prin asocierea de domenii structurale diferite (construcţie modulară). Construcţia proteinelor complexe din module funcţionale independente conferă proteinelor potenţialitîţi noi.Organizarea pe domenii este întâlnită la unele enzime solubile, fiecare domeniu catalizând o etapă dintr-o secvenţă metabolică.Eficienţa creşte foarte mult deoarece este împiedicată pierderea intermediarilor în reacţii colaterale, procesul desfăşurându-se în flux continuu /2/. Structura cuaternară a proteinelor Multe proteine sunt alcătuite din mai multe lanţuri polipeptidice, de regulă un număr mic şi pereche (proteine oligomere).Lanţurile individuale sunt denumite protomeri.La aceste proteine, pe lângă structurile primară, secundară şi terţiară ale fiecărui protomer, apare un nivel superior de organizare-structura cuaternară.Aceasta defineşte natura, numărul şi modul de asociere a protomerilor /1,2,3,8,9/. Funcţia specifică a unei proteine oligomere se manifestă numai la nivelul structurii cuaternare, protomerii separaţi fiind inactivi. Asocierea protomerilor, structura cuaternară, se relizează numai prin forţe slabe, necovalente şi devine stabilă, permanentă, numai dacă suprafeţele de contact sunt complementare şi un număr cât mai mare de atomi se apropie până la nivelul razelor por van der Waals.Complementaritatea suprafeţelor de contact asigură un grad foarte înalt de exactitate şi de specificitate a structurilor cuaternare.Protomerii unor proteine omoloage de la specii diferite nu se asociază. Interacţiunile prin suprafeţe complementare prezintă fenomenul de cooperare, adică primele interacţiuni favorizează formarea celorlalte.La început moleculele se juxtapun prin câteva puncte, după care celelalte grupări îşi găsesc mai uşor partenerii. Capacitatea de interacţiune a moleculelor prin suprafeţe complementare explică nu numai formarea proteinelor oligomere, a unor structuri supramoleculare, dar şi modul în care proteinele îşi îndeplinesc funcţiile caracteristice. Structurile cuaternare permit funcţionarea unor mecanisme fine de reglare a activităţii proteinelor.O perturbaţie care are loc la nivelul unui protomer poate fi transmisă în restul moleculei, fiind resimţită la nivelul contactului dintre protomeri;structura cuaternară este alterată şi totodată şi funcţia proteinei.Acest mecanism de reglare este denumit reglare alosterică. Un exemplu de structură cuaternară este aceea a hemoglobinei, studiată prin analiză cristaligrafică cu razeX.ÃŽn acest caz, lanţurile polipeptidice, în număr de patru, sunt legate între ele prin legături de hidrogen, forţe van der Waals,legături polare, formând o legătură tetrameră, care sub acţiunea unor factori din mediu, se desface în protomeri, iar sub acţiunea condiţiilor iniţiale, se srtucturează din nou cuaternar /2,9,11/. METODE DE DETERMINARE A STRUCTURII Pentru a fi studiate, proteinele trebuie izolate din diverse organe şi apoi purificate.De obicei, proteinele se separă din materiale biologice cu o soluţie salină sau cu solvenţi organici diluaţi cu apă.ÃŽn principiu, proteinele se separă de substanţele cu care se găsesc în amestec în soluţie, fie prin dializă prin membrane semipermeabile, fie prin electroforeză; apoi se cristalizează prin precipitare cu etanol sau săruri neutre /9/. Analiza elementară calitativă şi cantitativă a proteinelor a pus în evidenţă prezenţa elementelor:C (50-52%); H(6,8-7,7%); O(20-25%); N(15-18%) şi S(0,5-2%).ÃŽn unele cazuri s-au identificat şi elementele: P,Fe,Cu,I,Cl,Br /8,9/. Pentru stabilirea structurii peptidelor, polipeptidelor şi proteinelor se utilizează metodele fizico-chimice, problemele de structură fiind deosebit de complexe. Pentru determinarea structurii primare a substanţelor proteice este necesară cunoaşterea felului şi numărului α-aminoacizilor din care este format compusul proteic analizat (adică identificarea şi dozarea α-aminoacizilor) precum şi stabilirea secvenţei α-aminoacizilor, adică stabilirea ordinei în care aceştia se succed în moleculă /3/. Identificarea şi dozarea aminoacizilor Extractele proteice sunt supuse unor operaţii de separare şi purificare laborioase, obţinându-se în final polipeptide sau proteine în stare pură.Acestea sunt hidrolizate, pe cale chimică sau enzimatică, conducând la hidrolizate proteice. Din hidrolizatele proteice, aminoacizii se identifică folosind mai ales metodele cromatografice (vezi aminoacizi).Apoi se determină cantitativ aminoacizii, mai ales prin metode spectrofotometrice.Se cunosc aparate bazate pe separarea cromatografică a aminoacizilor şi dozarea spectrofotometrică a acestora, cu funcţionare automată /3,9/. -Cea mai buna inspiratie…
|
|